Muiden juutalaisten karttelemista samarialaisista tuli halveksittu vähemmistö.
Yksi Jeesuksen tunnetuimmista opetuksista on kertomus laupiaasta samarialaisesta. Vertauskuvallisessa opetuksessa juutalaisen yhteisön arvostetuimpiin jäseniin kuuluvat ihmiset, pappi ja temppelissä palveleva leeviläinen, viis veisaavat henkihieveriin hakatusta, ryöstetystä matkalaisesta; sen sijaan samarialainen pysähtyy häntä auttamaan. Jeesuksen vertaus on varmasti aikanaan hätkähdyttänyt kuulijoita ja synnyttänyt kiivasta keskustelua, sillä ajanlaskun alun Juudeassa juutalaisten ja samarialaisten välit olivat pahasti tulehtuneet, ja jälkimmäistä kansanryhmää pyrittiin kaikin tavoin karttamaan jokapäiväisessä elämässä.
Samarian kaupunki sijaitsi Jerusalemista pohjoiseen, noin puolimatkassa tuon pyhän kaupungin ja Galilean seudun välillä. Asutusta siellä on ollut hyvin kauan. Ensimmäisen kerran Samaria mainitaan Vanhassa testamentissa, kun heprealaiset olivat jakautuneet kahteen valtakuntaan, ja pohjoisen Israelin kuningas
Omri (k. n. 873 eKr.) osti laakean, helposti puolustettavan perustaakseen sinne kuningaskuntansa uuden pääkaupungin (1. Kun. 16:24). Samarian hepreankielinen nimi
Shomron merkitseekin "vartiotornia".
Kuningas Omri kumartaa Assyrian kuningas Shalmanassar III:lle stelan kuvituksessa. Myöhempi juutalainen historiankirjoitus syytti järjestään Samarian (Israelin) kuninkaita uskonluopiudesta vieraiden hallitsijoiden painostuksen alla.
Varustuksistaan huolimatta Samaria ei kyennyt pitämään puoliaan mahtavaa assyrialaisten sotajoukkoa vastaan, joka vuonna 722 eKr. nielaisi Israelin kuningaskunnan ja pani toimeen suuria väestönsiirtoja. Heprealaisia sijoitettiin Assyrian muihin osiin, ja samalla Israeliin tuotiin uudisasukkaita toisaalta; assyrialaisten tapana oli kansoja sekoittamalla pönkittää omaa ylivaltaansa ja ehkäistä kansallismielisten kapinoiden syntymistä. Samarian seudulle kehittyikin seuraavien vuosisatojen kuluessa monikulttuurinen väestö, jonka keskuudessa palvottiin sekä assyrialaisia että alueen perinteisiä kanaanilaisia jumaluuksia - ynnä myös heprealaisten Jumalaa.
Nämä jäljelle jääneet heprealaiset, jotka itse katsoivat polveutuvansa assyrialaisilta säästyneistä Efraimin ja Manassen heimojen rippeistä, säilyttivät esivanhempiensa perintöä vieraiden kansojen vallan alla. Heidän tapansa ja käytäntönsä erkaantuivat kuitenkin assyrialaisvalloitusta seuranneina vuosina etelän Juudan ja Jerusalemin uskonnollisuudesta. Erot kävivät selviksi etenkin Babylonin pakkosiirtolaisuuden (587 - 539 eKr.) jälkeen, jolloin oman vaikean etsikkoaikansa ja uskonnollisen reformin läpikäynyt juutalainen papisto palasi takaisin Jerusalemiin ja ryhtyi jälleenrakentamaan Jerusalemin tuhottua temppeliä profeetta Esran johdolla.
Entiset pohjoisvaltion asukkaat - joita nyt pääkaupunkinsa mukaan kutsuttiin samarialaisiksi - olivat näet pakkosiirtolaisuudesta palanneiden juutalaisten silmissä harhateille ajautuneita puolipakanoita, jotka olivat sekoittuneet vaarallisesti ympäröiviin kansoihin. Babylonista alkunsa saanutta deutoronomistista uskonuudistusta hallitsi ajatus Israelin valitun kansan puhtaudesta, ja Jerusalemiin palanneet papit tahtoivat kiihkeästi varjella isiensä perintöä ja estää vierasmaalaisten vaikutusten ujuttautuminen israelilaisten uskonnonharjoittamiseen. He eivät pitäneet samarialaisia enää oman kansansa jäseninä ja kielsivät heitä osallistumasta temppelin jälleenrakennustöihin (Esra 4:3).
Garisiminvuoren temppelin raunioista tuli samarialaisille samanlainen pyhättö kuin Itkumuurista juutalaisille. 1900-luvun taitteen samarialaisia rukoilemassa temppelin raunioilla.
Samarialaiset rakensivat siis oman temppelinsä, ja heillä oli tähän myös vahvat jumaluusopilliset perusteet. Arkeologisten löytöjen perusteella temppeli valmistui Samariaa lähellä olevalle Garisiminvuorelle 400-luvulla eKr., siis hieman myöhemmin kuin Jerusalemin temppeli. Oletettavasti alueella oli ollut jonkinlainen pyhättö jo aiemminkin, sillä siinä missä juutalaiset pitivät Jerusalemin temppelivuorta eli Siionia pyhimpänä paikkana, jolle Jumala oli määrännyt temppelinsä rakennettavan, samarialaiset katsoivat päinvastoin Garisiminvuoren olevan tuo Jumalan säätämä temppelin paikka. Garisiminvuori oli heille Toorassa mainittu siunauksen vuori (5. Moos. 11:29) sekä vuori, jolla Abraham oli lähes uhrannut Iisakin. Juutalaiset tätä eivät taas hyväksyneet, ja niin skisma samarialaisten kanssa syveni.
Roomalaisaikaan mennessä juutalaiset pitivät samarialaisia yhtä epäpuhtaina kuin ketä hyvänsä pakanoita. He esimerkiksi eivät voineet itse saastumatta ottaa vastaan mitään syötävää tai juotavaa samarialaiselta, ja useimmat väistivät kadulla kulkiessaan vastaantulevaa samarialaista. Kuolleenmeren kääröistä löytyneet tekstinkatkelmat viittaavat samarialaisiin houkkina ja viholliskansana.
Opillisestikin samarialainen uskontulkinta erosi jonkin verran juutalaisten valtavirrasta; tosin niin kuin aiemmissa luvuissa on käynyt ilmi, juutalaisuudellakin oli monia erilaisia kasvoja. Samarialaiset pitivät pyhänä kirjanaan ainoastaan viittä Mooseksen kirjaa - muut heprealaisen Raamatun tekstit he hylkäsivät, samoin farisealaisen/rabbiinisen lainopillisen tulkinta- ja selityskirjallisuuden. Siinä mielessä heillä oli paljon yhteistä "arkkivihollistensa", Jerusalemin temppeliä hallitsevien saddukeusten kanssa. He pitäytyivät tiukasti Mooseksen lain puhtaus- ja muissa säädöksissä. Oman temppelipalveluksensa eläinuhreineen ja pappisvirkoineen he jakoivat verrattain samankaltaisena Garisiminvuorellaan. (Veriuhreja toimitetaan muuten vuorella tänäkin päivänä.)
Vuoren pyhyyttä he korostivat hieman muista juutalaisista suuntauksista eroavalla kymmenellä käskyllään: samarialaisten kymmenes käsky koskee nimenomaan pyhäkön perustamista Garisiminvuorelle.
Samarialaiset uskoivat farisealaisten ja essealaisten tavoin ruumiin ylösnousemukseen. Heidän käsityksensä mukaan Messias herättäisi viimeisenä päivänä kuolleet, ja uskolliset saisivat iankaikkisen elämän paratiisissa. Heillä vaikuttaa olleen eriäviä arveluita siitä, kuka Messias olisi; ainakin osa uskoi Mooseksen palaavan tuolloin takaisin.
Juutalaisten ja samarialaisten välirikko kärjistyi, kun makkabealaissotien myötä Juudea vapautui hetkellisesti ympäröivien suurvaltojen vasalliudesta. Kuningas
Johannes Hyrkanos (n. 164 - 104 eKr.) laajensi aggressiivisesti ja uskonkiihkoisesti valtakuntaansa. Hän pakkokäännytti valloittamansa Edomin (Idumean) asukkaat ja hyökkäsi Samariaan vuonna 113 eKr. Hyrkanoksen joukot tuhosivat kaupungin ja Garisiminvuoren temppelin maan tasalle. Tuhotyöllään hän pönkitti Jerusalemin temppelin asemaa ainoana oikeana Israelin Jumalan palvontapaikkana ja katkeroitti samalla samarialaisia entisestään.
Roomalaisten alaisuudessa samarialaisten elämä muuttui paremmaksi, ja sitä on toisinaan nimitetty heidän kulta-ajakseen. Juutalaissotien kauhujen ja Bar Kokhba -kapinan jälkeen roomalaiset karkottivat juutalaiset Juudeasta, mutta samarialaisten he sallivat jälleenrakentaa temppelinsä Garisiminvuorelle. Hetkellinen kukoistus päättyi sittemmin bysanttilaisten vainoon. Garisiminvuoren liepeillä elää edelleen pieni mutta sitkeä samarialainen kyläyhteisö, joka pitää kiinni isiensä uskosta.
Jeesus käänsi ennakko-oletukset päälaelleen vertauksellaan laupiaasta samarialaisesta, joka pysähtyi auttamaan juutalaista miestä.
Aikansa juutalaisille Jeesuksen - juutalaisen opettajan - käytös ja puheet samarialaisista ovat varmasti olleet vaikea pala nieltäväksi. Johanneksen evankeliumi kertoo Jeesuksen kohtaamisesta samarialaisen naisen kanssa Sykarin kylän kaivolla (Joh. 4:1-42), ja Jeesus nostaa samarialaisen esimerkiksi muille vertauksessaan (Luuk. 10:25-37). Toisaalta samarialaisessa kylässä juutalainen Jeesus opetuslapsineen myös torjutaan (Luuk. 9:51-56). Pääsiäisen tapahtumien jälkeen apostolit ryhtyivät viemään sanaa ylösnousemuksesta ensimmäisten seutujen joukossa Samariaan, etenkin Jerusalemissa puhjenneen vainon jälkeen (Ap. t. 8:4-25).
Samarialaisten ja muiden juutalaisten välinen vihanpito oli yksi surullisimmista esimerkeistä siitä jakautuneisuudesta ja nurkkakuntaisuudesta, joka hallitsi Jeesuksen ajan uskonnollista ajattelua. Vaikka Samarian ja Jerusalemin asukkaat omasivat samat esivanhemmat ja lukivat samoja pyhiä kirjoituksia, heidän välillään vallitsi leppymätön vihanpito.